Japanese Encephalitis (JE) adalah salah satu penyebab utama radang otak akibat infeksi virus (ensefalitis virus) di seluruh dunia dan merupakan masalah utama kesehatan masyarakat di Asia termasuk di Indonesia. Berdasarkan data publikasi Badan Kesehatan Dunia atau WHO, diperkirakan terdapat sejumlah 67.900 kasus baru per tahun di 24 negara di kawasan Asia dan Oceania. Di Indonesia, kasus konfirmasi JE dalam periode tahun 2014 sampai dengan per Juli 2023 dilaporkan sejumlah 145 kasus dimana 30 kasus diantaranya berada di Provinsi Kalimantan Barat.
SD Suster Pontianak juga mengikuti Imunisasi Japanese Encephalitis (JE) yang digelar Dinas Kesehatan Kota Pontianak sesuai surat edaran nomor : 443.3/3338/D-Kes/P3PL/2023. Imunisasi Japanese Encephalitis (JE), ini sangat penting dilakukan dan mestinya harus diterima oleh warga Kalbar berumur 9 bulan hingga usia kurang dari 15 tahun. SD Suster Pontianak melaksanakan imunisasi JE menjadi 2 Gelombang. Pada gelombang 1 Jenjang kelas 1- 3 Hari Senin dan Gelombang 2 Jenjang kelas 4 – 6 Hari Selasa. (9 – 10 Oktober 2023).